前往其他岛屿需要完成特定主线任务并获取关键道具。首先必须击败关都地区的8个道馆馆主和精英四强，成为联盟冠军。随后在塞莉市镇与大木博士对话触发群岛任务线，助手会给予行船票，这是前往所有岛屿的基础通行证。持有该票后返回真新镇南部的海港，与渡轮海狮号对话即可选择目的地。需游戏进程不同阶段开放岛屿路线有限，需根据剧情推进逐步解锁。
前往1岛是群岛探索的起点，岛上分布着火山洞穴、宝贝屋等场景，可捕获稀有宝可梦并参与特殊挑战。而红莲岛则需要通过双子岛左上方入口推动岩石改变潮流，或从初始城市下方直接冲浪抵达。该岛道馆需先获取钥匙，钥匙位于岛左上角的宝可梦大宅内。部分岛屿如6岛和7岛需更复杂条件：成为冠军后需在比洛卡娜市研究所领取彩虹票，并完成救助洛奇亚等支线任务才能解锁航线。
隐藏岛屿如8岛和9岛需通过特殊活动或作弊设备访问。8岛（海洋之心礁）需神秘船票才能从富士老人家乘船抵达，可捕获传说宝可梦路基亚和盖欧卡；9岛（训练家乐园）则需训练家乐园船票，提供高级挑战模式。由于这些船票通常通过已结束的官方活动发放，普通玩家可能需依赖特定代码或设备才能获取。岛屿挑战的难度和奖励随等级提升，建议提前强化队伍并携带充足道具。
探索群岛时需注意区域限制和剧情触发顺序。例如7岛任务需先在4岛仓库输入密码，取回被抢的蓝宝石后开启通讯功能；部分洞穴如变化洞穴内部为空荡迷宫，需结合滑板加速和转向技巧通过地形。火山洞穴等场景存在环境伤害机制，岩石系或地面系宝可梦可避免沙暴扣血。建议优先完成各岛NPC任务以获取技能机器等关键物品，再系统性挑战训练师或收集图鉴。
后期岛屿如6岛设有密码机等机关，需结合任务提示破解；而7岛火箭队基地需多次往返不同岛屿追踪线索。所有岛屿的探索进度会直接影响二周目内容，包括超梦捕获和四天王复战等。游戏内船只航线并非永久开放，若错过关键剧情节点可能导致暂时无法返回，因此建议在重要决策前手动存档。通过合理规划路线和资源分配，能更高效完成全岛屿探索。
