卷轴是一个涵盖多种功能道具的统称，主要分为用于特定系统或活动的功能型卷轴，以及在战斗中直接使用的秘卷技能，它们从不同维度为玩家的游戏进程提供帮助。
对获取强力忍者有明显帮助的是蓝色卷轴，它是一种特殊的限定招募券，玩家消耗480金币即可购买，主要用于招募每个月限定登场的忍者角色，这些角色通常具备独特的能力，是阵容构筑的关键。另一种功能型卷轴是高级通灵卷轴或其碎片，其主要用途是用于进阶通灵兽，提升通灵兽的属性和能力，这是增强战力体系的重要一环。至于羁绊卷轴等道具，则与完成特定的招募任务相关联，是获取相关奖励的必需品。
对战局影响最为直接和深远的卷轴是战斗中携带的秘卷技能，其选择与搭配是游戏策略的核心。秘卷分为攻击、防御、辅助等多种类型，能提供伤害、控制、生存或功能性的增益。一个合适的秘卷能显著弥补忍者自身的短板或放大其优势，例如为缺乏先手能力的忍者搭配控制型秘卷，或为依赖奥义爆发的忍者搭配能快速补充查克拉的秘卷。秘卷的强弱并非绝对，高度取决于与忍者技能机制的契合度以及玩家的实战操作。常见的强势或通用选择包括具有吸附控场效果的风遁·风杀阵、能补充奥义点的查克拉秘卷、提供霸体保护的禁术·阴伤愈灭以及拥有冰冻控制能力的冰遁·冻雪等。
最基础的来源是每日的小队突袭玩法，这是稳定产出秘卷碎片的主要渠道。参与生存挑战、极限挑战等活动以及完成部分日常任务也能获得秘卷或碎片。玩家在获取秘卷后，需通过消耗秘术之尘和秘术之星等材料对其进行强化升级，以解锁更高等级的效果。对于新获取的秘卷，建议在练习场中熟悉其攻击范围、效果和前后摇，以便在实战中精准运用。
掌握秘卷的使用时机与技巧是发挥其作用的关键。在起手阶段，秘卷可用于试探或创造进攻机会；在反手阶段，则可用于自我保护或打断对手攻势。利用霸体秘卷抵消对手的抓取技能，或在使用替身术后立即衔接控制型秘卷以扭转战局。需要注意秘卷的冷却时间与自身忍者技能的冷却周期进行衔接，避免出现战斗真空期。在多人对战模式如天地卷轴3V3玩法中，战术重心围绕夺取并守护天、地卷轴以达成合成条件，此时携带具有强大自保或控场能力的秘卷对于保护携带卷轴的队友或干扰对手至关重要。
除了直接用于战斗，卷轴系统还与游戏内的资源兑换深度关联。玩家通过参与生存挑战等活动可获得普通卷轴奖励，这些卷轴可在兑换商店中换取有助于角色成长的资源。优先兑换的选项通常包括A级忍者碎片如迈特凯、B级忍者碎片如御手洗红豆，这些忍者能有效提升阵容实力。当主要忍者收集完毕后，用于直接升级神器以提升战斗力的忍玉，以及声望、轮回石等用于通灵兽和神器雕纹系统的材料，也成为高性价比的兑换选择。
